我离职时手续没办全，这合法吗？

不合法。单位不得因员工离职手续未办全而扣工资，这违反了《劳动法》规定。未及时办理离职手续并不等同于旷工，扣工资做法不当，可能引发劳动争议。
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常见处理方式为协商、申请劳动仲裁或诉讼。首先尝试与工厂沟通协商，要求合理解释并补发工资；若协商无果，可向劳动仲裁委员会申请仲裁；仍不满则可提起诉讼。选择方式时应考虑效率与公正性，仲裁为常用且有效手段。
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分情况处理如下：1.若仅手续遗漏，可与工厂沟通，说明情况并补全手续，要求补发扣除的工资。2.若工厂拒绝沟通，坚持扣工资，则应收集证据，如劳动合同、工资条等，准备申请劳动仲裁。3.在劳动仲裁后仍未解决，可进一步向法院提起诉讼，维护自身合法权益。